Celý příběh kartelu Jalisco Nová Generace (CJNG ze svého španělského jména) začíná dvěma událostmi. Nejprve došlo k zatčení šéfa kartelu Milenio Oscara Navy Valencii v říjnu 2009. Poté došlo k smrti jeho nadřízeného, a zároveň spojky mezi kartelem Milenio a Sinalojskou federací, Ignacia Coronela, který byl zabit během přestřelky s mexickou armádou v červenci 2010. Tímto se definitivně rozpadl kartel Milenio a v oblasti na jihozápadě Mexika (zejména ve státě Jalisco) vzniklo mocenské vakuum, které se snažily vyplnit jednotlivé frakce bývalého kartelu.

Dvěma největšími skupinami byly CJNG a La Resistencia, která vinila své protivníky z vydání Oscara Navy Valencii úřadům (přezdívala je Los Torcidos – Křiváci). Během nastalých bojů o oblast Jalisca byla mexická policie schopná pozatýkat velkou část šéfů CJNG – v září 2010 byl zatčen jeden ze spoluzakladatelů CJNG Margarito Soto Reyes spolu s osmi dalšími komplici, v červnu 2011 byl zatčen Martín Arzola Ortega, také jeden ze zakládajících členů a šéf v hlavním městě státu Jalisco,  Guadalajaře. La Resistencia také utržila ztráty, definitivní zvrat však přišel až v září 2012, kdy byl zatčen nejvyšší šéf La Resistencia Ramiro Pozos González, čímž se celá struktura zhroutila a CJNG se otevřela brána regionální dominanci.

V době vzniku CJNG se objevuje skupina zvaná Los Mata Zetas (doslova vrahové Zetas), která se prezentovala jako vigilantistická skupina s cílem vyčistit celé Mexiko od kartelu Los Zetas (od roku 1997 ozbrojená část Zálivového kartelu, která se v roce 2010 odtrhla a vytvořila vlastní kartel, tvořený zejména bývalými členy mexických speciálních jednotek, ale i jiných ozbrojených složek, tato skupina začala jako první používat praktiky psychologické války a násilí takové intenzity, která se v konfliktu do té doby nevyskytovala – pozn.a.). Skupina Los Mata Zetas se zviditelnila zejména v roce 2011, kdy ve státu Veracruz zavraždila 35 lidí, jejichž těla zanechala v několika nákladních autech, kterými zablokovala silnici během dopravní špičky. U těl byl nalezen nápis, který oběti vinil z příslušnosti k Los Zetas, ačkoliv tento fakt byl během pozdějšího vyšetřování vyvrácen. Během několika dalších měsíců vykonali Los Mata Zetas ve státu Veracruz další podobné masové vraždy, při nichž bylo zabito přinejmenším dalších 60 lidí. Kvůli této vlně násilí dokonce rezignoval i státní zástupce ve Veracruz.

Los Mata Zetas se v jednom ze svých komuniké přihlásili k příslušnosti k CJNG, v roce 2012 byla však skupina zřejmě rozpuštěna kvůli svému negativnímu obrazu v očích veřejnosti. Každopádně se CJNG následně začal angažovat ve státu Michoacán, kde vrcholila vojenská operace na potlačení násilí, způsobeného kartelem Caballeros Templarios (Templářští rytíři, odnož La Familia Michoacana). V tomto strategickém zapojování do probíhajících konfliktů lze spatřovat raný modus operandi CJNG, který takto využíval diskurz představitelů státu k oslabování svých nepřátel a zároveň i k rozšiřování vlastního území. Jelikož se v této době vyhýbal přímým útokům na vojenské cíle, nestal se tento kartel cílem větších operací. Dalším faktem, který pomohl CJNG zůstat „pod radarem“, je, že se organizace od začátku soustředila na prodej drog do Asie a Evropy, čímž nebyla donucena soupeřit s ostatními kartely o trasy do USA, a nevyvolala tak reakci mexických úřadů. Do povědomí mexické i světové veřejnosti se CJNG dostala až v roce 2015, kdy provedla několik útoků na mexickou policii a armádu v odplatě za zabití jednoho z poručíků CJNG. Dokonce se členům CJNG podařilo sestřelit armádní helikoptéru, což se dříve nestalo.

Přesto, že se CJNG po smrti Ignacia Coronela osamostatnila, i nadále spolupracovala se Sinalojskou federací, zejména kvůli společným nepřátelům Los Zetas. Ačkoliv se již od roku 2012 několikrát spekulovalo o konci tohoto spojenectví, k žádným velkým střetům nedocházelo. I případné expanze jednoho z kartelů byly zaměřeny vůči třetí straně, zejména Los Zetas, Caballeros Templarios či kartelu ze Ciudad Juárez. I v případě Tijuany u hranic s USA, ve které jsou přítomny oba kartely (poté, co část Tijuanského kartelu prohlásila svou příslušnost k CJNG), šly najít spíše známky spolupráce. Například během útěku Alfonsa Liry Sotela (místního šéfa pro CJNG) z Tijuany do státu Jalisco, který se na svém útěku v roce 2014 třikrát těsně vyhnul zatčení, mu údajně pomáhal Dámaso López, jeden z vysoce postavených členů ve Federaci. Tento fakt si lze vysvětlit tím, že CJNG zpočátku ani nesoupeřila s ostatními kartely o pozici na trhu v USA. Místo toho se zaměřovala spíše na Evropu a Asii.

Celá situace se však začala měnit na konci roku 2015, kdy federace ohlásila svůj příchod do státu Colima, aby jej vyčistila od vyděračů, násilníků a lupičů. Učinila tak na Facebooku a na YouTube, kde zveřejnila i narcocorrido (populární druh hudby týkající se prostředí drogových kartelů). Colima, a zejména přístav Manzanillo, který je klíčový pro dovoz prekurzorů pro výrobu metamfetaminů z Asie, byla v té době ovládána CJNG, která si udržovala nízký profil díky absenci opozice. Důležitost přístavu zvýšilo obsazení přístavů v sousedním Michoacánu armádou, což znemožnilo dovoz prekurzorů skrze ně.

Celý spor se ještě více rozhořel na jaře roku 2016 a míra vražd v Colimě se téměř ztrojnásobila oproti předchozímu roku. Colima byla dříve považována za jeden z nejklidnějších států v zemi, během celého roku 2016 však měla nejvyšší míru vražd v zemi (rok 2016 byl navíc doposud nejkrvavějším rokem během prezidentství Peñi Nieta). V současnosti se zdá, že je zde násilí na ústupu. Během února došlo k poklesu vražd o polovinu oproti lednu. Je však otázka, jestli tento trend vydrží. V Colimě se tak odehrál první velký spor mezi těmito kartely. Pravděpodobnými důvody byly vstup CJNG na americký trh s drogami a rostoucí schopnost konkurovat Federaci.

Druhým ohniskem současného konfliktu je Tijuana, která je jednou z nejdůležitějších tras pašování drog do USA. Zde byl mír porušen ke konci roku 2016 a vlna násilí zde pokračuje bez útlumu dodnes. I zde je však pravděpodobná prohra Federace. Začátkem března oznámilo státní zastupitelství Baja California zatčení jednoho z vysoce postavených poručíků Federace v Tijuaně. V roce 2016 se v Tijuaně odehrálo 910 vražd, což byl pro toto město zatím nejkrvavější rok, a zároveň se stala městem s více než milionem obyvatel s největší mírou vražd. Jen během prvních dvou a půl měsíců roku 2017 zde bylo zavražděno více než 260 lidí, z čehož je 90 % připisováno organizovanému zločinu a tedy z velké části konfliktu mezi CJNG a Federací.

Sinalojská federace byla po dlouhou dobu americkými úřady považovaná za nejmocnější kriminální organizaci na zemi, vzhledem ke své přítomnosti na většině amerického kontinentu, a svým vazbám v Asii, Austrálii a Evropě. Po zatčení jejího šéfa Joaquína Guzmána v lednu 2016 se však začaly objevovat spory uvnitř organizace, pramenící z nejistoty kvůli plánům mexické vlády jej vydat do USA. Celkové oslabení Federace (a zejména samotného Guzmána) pak dokládá útok na dům matky Joaquína Guzmána v červnu 2016, během něhož zemřeli tři lidé. Samotnou Guzmánovu matku však útočníci nechali na živu.

Podle vyšetřovatelů se jednalo o pozůstatek organizace Beltrán Leyva, která byla součástí Federace, avšak po zatčení Alfreda Beltrána Leyvy v roce 2008, z čehož jeho bratři vinili Guzmána, se tato část od Federace odtrhla a utvořila vlastní kartel. Roztržka uvnitř samotné Federace však přišla až po srpnovém únosu dvou synů Joaquína Guzmána, z čehož byl později viněn Dámaso López, který se navíc v únoru údajně pokusil zavraždit syny Joaquína Guzmána na domluvené schůzce. Spolu s nimi se měl této schůzky zúčastnit i jeden ze zakladatelů Federace Ismael Zambada, na nějž byl tento útok veden také.

V blízké budoucnosti je tak pravděpodobné nahrazení Federace, jakožto nejvlivnější kriminální organizace v Mexiku, kartelem Jalisco Nová Generace. Tento proces se děje již dnes. Podle odhadů DEA již CJNG svým bohatstvím překonala Federaci, ačkoliv ta si stále drží hlavní postavení v dovozu a prodeji drog v USA. CJNG se soustředí zejména na výrobu a prodej metamfetaminů, ale také kokainu, heroinu a marihuany. Velkou část svého zboží pašuje do Asie a Evropy, svou přítomnost však má i v USA. V současnosti se jedná o kartel s nejagresivnějším růstem, který s největší pravděpodobností v blízké budoucnosti bude pokračovat. Podle některých zpráv má CJNG dvě části – samotnou CJNG a přidružené Los Cuinis.

CJNG byla založena a je doposud vedena Nemesiem Oseguerou Cervantesem, bývalým policejním důstojníkem, a v této alianci tvoří ozbrojenou větev, zatímco Los Cuinis se starají o finanční stránku operací. Los Cuinis založil Abigaíl González Valencia (přezdívaný El Cuini), který byl v únoru 2015 zatčen mexickými úřady. Obě větve jsou provázány rodinnými vazbami, z čehož pramení jejich stabilita, avšak skutečný vztah mezi nimi není znám. Existují dokonce spekulace, že Los Cuinis jsou nadřazenou skupinou, pro kterou CJNG samotná pracuje. Podle amerického ministerstva financí jsou právě Los Cuinis tou nejbohatší mexickou kriminální organizací, nikoliv CJNG. V tom případě by hlavní šéf celé organizace již byl ve vazbě (Abigaíl González Valencia), kde čeká na vydání do USA. V současnosti se ale jedná o čistou spekulaci, která, pokud by se potvrdila, by sice znamenala poměrně silnou ránu pro celou organizaci, ale právě kvůli úzkým rodinným vztahům mezi celým vrchním velením nelze očekávat spory o nástupnictví ani v tomto případě.